Ragueneau fut d'abord une terre amérindienne. En 1664, le Père Nouvel signale la présence des Papinachois et de quelques familles qui habitèrent à la baie des Outardes. Ces familles vivaient de la chasse à l'orignal, de la pêche au saumon et probablement de la chasse au loup-marin.

Ragueneau fit longtemps partie du «Domaine du Roy» qui s'étendait de la région du Lac Saint-Jean jusqu'à l'est de Sept-Iles. N'eut été un échange de territoire en 1861 entre les Montagnais et le gouvernement, le village de Ragueneau n'aurait jamais existé.

C'est devant les petites îles, entourées de récifs et d'apparence modeste, sur la rive ouest de la rivière aux Vases, que s'établissent les premiers habitants, vers 1870. En 1876, dans un rapport à l'évêque de Rimouski, le Père Babel confirme la présence de 28 personnes à cet endroit. Il n'existe aucun vestige apparent de cette période.

Après deux vagues successives de colonisation agricole en 1922 et en 1930, Monseigneur Leventoux charge le Père Taillardat d'organiser la paroisse de Ragueneau en 1934. Il y fait construire un presbytère et une église au centre du village. En 1946, le presbytère est malheureusement détruit par le feu et est remplacé par celui encore en place aujourd'hui. L'église est agrandie en 1958-1959.